Apr 30, 2023
Rastreamento da disseminação metastática precoce do câncer de pulmão no TRACERx usando ctDNA
Natureza volume 616, páginas
Nature volume 616, páginas 553–562 (2023) Citar este artigo
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O DNA tumoral circulante (ctDNA) pode ser usado para detectar e traçar o perfil das células tumorais residuais que persistem após a terapia de intenção curativa1. O estudo de grandes coortes de pacientes incorporando amostragem de plasma longitudinal e acompanhamento prolongado é necessário para determinar o papel do ctDNA como um biomarcador filogenético de recaída no câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC) em estágio inicial. Aqui desenvolvemos métodos de ctDNA rastreando uma média de 200 mutações identificadas em tecido NSCLC ressecado em 1.069 amostras de plasma coletadas de 197 pacientes inscritos no estudo TRACERx2. A falta de detecção pré-operatória de ctDNA distinguiu o adenocarcinoma de pulmão biologicamente indolente com bom resultado clínico. As análises plasmáticas pós-operatórias foram interpretadas no contexto da vigilância radiológica padrão e administração de terapia adjuvante citotóxica. Análises históricas de amostras de plasma coletadas até 120 dias após a cirurgia revelaram detecção de ctDNA em 25% dos pacientes, incluindo 49% de todos os pacientes que tiveram recaída clínica; A vigilância de ctDNA de 3 a 6 meses identificou uma recaída iminente da doença em mais 20% dos pacientes com marcos negativos. Desenvolvemos uma ferramenta bioinformática (ECLIPSE) para rastreamento não invasivo da arquitetura subclonal em níveis baixos de ctDNA. O ECLIPSE identificou pacientes com disseminação metastática policlonal, que foi associada a um desfecho clínico ruim. Ao medir as frações de células cancerígenas subclonais no plasma pré-operatório, descobrimos que os subclones que semeiam metástases futuras foram significativamente mais expandidos em comparação com os subclones não metastáticos. Nossas descobertas apoiarão os avanços dos estudos (neo) adjuvantes e fornecerão informações sobre o processo de disseminação metastática usando biópsia líquida de baixo nível de ctDNA.
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Nature Open Access 12 de abril de 2023
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Os arquivos de sequenciamento de cfDNA, dados de RNA-seq e dados de sequenciamento de exoma tumoral multirregional (em cada caso do estudo TRACERx) usados ou analisados durante este estudo foram depositados no European Genome-phenome Archive (EGA), hospedado pelo Instituto Europeu de Bioinformática (EBI) e o Centro de Regulação Genômica (CRG) sob os códigos de acesso EGAS00001006494, EGAS00001006517 e EGAS00001006494 e está sob acesso controlado devido à natureza dos dados e acordos de parceria comercial. Detalhes sobre como solicitar acesso estão disponíveis na página vinculada.
O ECLIPSE está disponível como um pacote R para instalação no github (https://github.com/amf71/ECLIPSE), disponível apenas para fins de pesquisa acadêmica não comercial. O código usado para produzir as figuras neste documento está disponível mediante solicitação.
Moding, EJ, Nabet, BY, Alizadeh, AA & Diehn, M. Detecção de restos líquidos de tumores sólidos: doença residual mínima do DNA tumoral circulante. Câncer Descoberta 11, 2968–2986 (2021).
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